Das Archiv des Wörterbuches der ägyptischen Sprache war ursprünglich im Ägyptischen Museum, also im Gebäude des "Neuen Museums" untergebracht; 1924 wurde es aus Platzgründen in drei Magazinräume unter dem Dach des Museums verlegt. Mit Beginn des Krieges im Herbst 1939 wurden die Zettelkästen des Wörterbuches zur Sicherheit verschnürt und in Noträumen im Zwischengeschoß des Akademietrakts im Gebäude der Staatsbibliothek (Unter den Linden 8) aufgestellt; die Arbeit mit dem Material war damals noch in beschränktem Umfang möglich. Die Abklatsche und die Zeichnungen der Königlich Preußischen Expedition wurden demgegenüber im Erdgeschoß des Museums gelagert.
1942, die Lage Berlins war prekär, wurde das Archiv des Wörterbuches in ein Salzbergwerk ausgelagert, wo es das Ende des Krieges weitgehend ohne Verluste überdauerte. Nur zwei Zettelkästen gingen verloren und konnten nach dem Kriege aus dem übrigen Material an "Restzetteln" rekonstruiert werden.
Nach dem Kriege wurde das Wörterbucharchiv erneut in den Akademieflügel des Gebäudes der Staatsbibliothek verbracht. Die oberen Geschosse des Gebäudes waren damals noch Ruine, so daß das Wörterbuchmaterial zunächst provisorisch aufgestellt wurde. Nach der baulichen Reparatur zog das Material in die Sitzungssäle der geisteswissenschaftlichen und der mathematisch-naturwissenschaftlichen Klasse im zweiten Obergeschoß des Hauses ein, wo sich das Archiv und die Arbeitsräume des Vorhabens Altägyptisches Wörterbuch bis heute befinden.
Das Zettelarchiv des Wörterbuches ist in eigens dafür angefertigten Karteikästen aus Pappe aufgestellt, die durch einen sinnreichen Ausklappmechanismus bei der Konsultation des Materials ausreichend Spielraum geben, auch wenn die Kästen prall gefüllt sind. Ein Zettelkasten faßt ca. 1000 Zettel. Zur Aufstellung der insgesamt ca. 1700 Zettelkästen wurden auch spezielle Holzregale angefertigt, die auf die Maße der Zettelkästen zugeschnitten sind. In im Laufe der Zeit wechselnder Anordnung bilden die Regale und Zettelkästen ein sichtbares Denkmal des Fleißes, der Ausdauer und des Erfolges dieses großen Unternehmens der Ägyptologie und der Berliner Akademie - und insbesondere seiner Initiatoren und Bearbeiter.