Nahe seiner Geburtsstadt Naumburg erlangte Carl Richard Lepsius in der berühmten Fürstenschule Schulpforta die Hochschulreife. Von 1829 an studierte er zunächst in Leipzig, dann in Göttingen und Berlin, wo er 1833 bei August Boeckh mit einer Arbeit über die Eugubinischen Tafeln promovierte. Auf Anregung Wilhelm v. Humboldts ermöglichte ihm ein Stipendium der Preußischen Akademie der Wissenschaften zu Berlin das Studium der 1822 von Jean François Champollion entzifferten Hieroglyphen. Unterstützt von Carl v. Bunsen, Eduard Gerhard und Alexander v. Humboldt, erhielt er 1842 vom preußischen König Friedrich Wilhelm IV. den Auftrag, eine wissenschaftliche Forschungsexpedition nach Ägypten und Äthiopien zu leiten. In Vorbereitung hierzu wurde er an der Berliner Universität zum außerordentlichen Professor der Ägyptologie ernannt; nach dem erfolgreichem Abschluß der Expedition im Jahre 1845 erfolgte 1846 seine Berufung zum ordentlichen Professor. Seit 1850 war Lepsius Mitglied der Berliner Akademie. Nach dem Tode von Guiseppe Passalacqua, der nach dem Ankauf seiner Sammlung durch den König diese weiter betreut hatte, wurde Lepsius 1865 zum Direktor des Ägyptischen Museums in Berlin ernannt. Von 1867 bis 1880 war er Präsident des Archäologischen Instituts in Rom sowie seit 1873 bis zu seinem Tode Leiter der Königlichen Bibliothek zu Berlin.